По сути это мой процесс разборок с Git. Я решил внедрять его у себя на работе. Поэтому изучаю, т.к. инициатива моя – я должен хорошо разбираться.
Тут копия моего  вопроса с ХэшКода.

————–
Добрый день.
Такая проблема.

Создал репозиторий на bitbucket, залил проект, однако в проекте имелось пару модулей, которые имели внутри себя репозитории Git. В итоге папки этих модулей не открываются на bitbucket.

Я удалил из этих папок Git репозитории в локальном проекте, но они не идут в add и не комитятся. .gitignore нету.

Когда делаю pull с bitbucket то папки которые были со своими Git пустые.

Как можно затереть эти папки и файлы на сервере своими локальными копиями?

Что если я сделаю checkout и укажу удаленную ветку, а потом сделаю git rm для этих папок, сделаю commit. Потом вернусь в master и накачу pull, а потом сделаю add и push, может получится?

Похоже, что нет. Файлы остаются те же. Вопрос остается, выделенный жирным.

———-
тебе нужен git submodule либо git subtree
(56 минут назад)Vladimir Gordeev

———
я прочитал описание по ссылке http://git-scm.com/

Но это не решает мою проблему.
root@:/srv/asb.ru# git submodule init No submodule mapping found in .gitmodules for path ‘modules/minion’ root@:/srv/asb.ru# git submodule update No submodule mapping found in .gitmodules for path ‘modules/minion’

—————
(44 минуты назад)Олег Абражаев

Заработало!!!

Сначала я вернул файлы Git в папки git init.

Потом сделал git rm --cached 'modules/minion'

и для второй папки

а потом

и для второй папки так же

После этого они добавились через commit и стали отображаться на bitbucket

Через git subtree можно будет избавиться от модулей, сделать их каталогами, если надо.

————-
отвечен 27 минут назад

Олег Абражаев
На другом сервере сделался git pull Теперь там нужно сделать

и обновлять модули